La Sede
La prima libraria, quasi certamente situata presso la stanza da letto di Filippo Neri, fu in parte distrutta dall'incendio provocato da un razzo nel 1620 durante i festeggiamenti per l'anniversario dell'elezione di Paolo V.
La costruzione attuale coincide con la massima espansione dell'Ordine fondato da Filippo Neri nel 1565 e con la necessità di acquisire nuovi spazi per la raccolta libraria, in costante crescita grazie ai molteplici lasciti.
La realizzazione della nuova sede viene affidata a Francesco Borromini, che dirige i lavori dal 1637 al 1652. L'opera, proseguita da Camillo Arcucci, termina nel 1667.Il progetto originale è contenuto nell'Opus architectonicum equitis Fr. Borromini... commentato dal Padre Virgilio Spada che affiancò l'architetto nella realizzazione del Palazzo e posseduto dalla Biblioteca nella prima edizione del 1725.
Al disegno di Borromini vengono apportate delle modifiche. In primo luogo il muro perimetrale della sala della Biblioteca viene trasportato in linea retta con quello sottostante: la Biblioteca risulta così ingrandita, ma priva della sua originale simmetria.
Il soffitto diviene irregolare con gli ultimi riquadri rettangolari anziché quadrati e le stelle ovoidali anziché tonde; realizzato in legno e stucco è decorato con tele monocrome di Giovanni Battista Romanelli che rendono un singolare effetto marmoreo.
Agli angoli della sala vengono costruite quattro scale a chiocciola, ben mimetizzate da finti dorsi, per non interrompere l'effetto unitario dei libri alle pareti.
La grande sala rettangolare è illuminata da sedici finestre; lungo le pareti è collocata la scaffalatura lignea del XVII secolo, divisa in due ordini di palchetti da un ballatoio sostenuto da colonne lignee.
Tra gli arredi: lo splendido armadio, commissionato da Cesare Mazzei, la Libraria nella quale sono raccolti i libri posseduti da Filippo Neri, il busto in marmo del santo, quello del cardinale Baronio, i due globi celeste e terrestre databili alla fine del XVI secolo.